O OS/2 suporta o sistema de arquivos FAT, Super FAT e HPFS, porém é mais recomendável usá-lo em partições formatadas com o HPFS, o seu sistema de arquivos proprietário. Nelas, o OS/2 apresenta uma desempenho bem superior, devido à forma mais eficiente de organização de dados nesse sistema de arquivos.
O HPFS - 32 bits - Apresenta suporte nativo a nomes de arquivos de até 254 caracteres, espaços entre caracteres em letras maiúsculas ou minúsculas, inclusive alguns de uso restrito até hoje, como o ":" (dois pontos) e estende o suporte a nomes longos para a FAT16 através do uso de arquivos de sistema.
Permite 64KB de atributos estendidos para cada arquivo, esses atributos podem ser quaisquer informações sobre o arquivo.
O sistema de arquivos do OS/2 também ordena a exibição de arquivos de um diretório automaticamente e mantém as informações sobre um arquivo próximo a ele, facilitando a localização de um arquivo em grandes discos. O HPFS também utiliza um sistema de cache de disco, para melhorar o seu desempenho, usando estratégias de alocação cujo objetivo é assegurar que os arquivos permaneçam contíguos.
A Super FAT difere da FAT em poucos pontos, o principal é que a Super FAT é armazenada na RAM, o que desgasta muito menos o HD e aumenta a velocidade de acesso consideravelmente. Outra diferença importante é que a Super FAT é desenhada em 32 bits. Já o HPFS é muito superior a FAT e a Super FAT, e as suas vantagens são diversas.
Como a estrutura FAT possui uma estrutura linear e não ordenada, ela deve ser consultada do início ao fim para se achar um arquivo em um diretório. Se um arquivo tiver duas ou mais extensões não contíguas, ele será considerado fragmentado, reduzir a fragmentação diminui o tempo de busca do cabeçote e o número de buscas para acessar os dados de um arquivo. O método usado pela FAT facilita a fragmentação, gravando sempre nos próximos espaços disponíveis.
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